Hypatia täydensi opintojaan Ateenassa, missä hän sai kosketuksen neoplatoniseen filosofikoulukuntaan, jonka Iamblichus, Plotinus ja Porphyry olivat noin sata vuotta aikaisemmin perustaneet. Hän piti itseään siitä alkaen uusplatonilaisena.

Uusplatonilaisten mielestä äärimmäinen todellisuus on ajattelun ja kielen tavoittamattomissa. Ihmisellä ei ole älyllistä kapasiteettia ymmärtää täydellisesti sekä perimmäistä todellisuutta että seurauksia sen olemassaolosta.

"Uusplatonilaisuus on jatkuvasti kehittyvä filosofia, joka ei tarjoa lopullisia tuloksia ihmiselle, jonka tajunta on rajoittunut. Elämä on jatkuvaa muutosta, ja mitä enemmän kuljemme eteenpäin, sitä enemmän voimme ymmärtää. Niiden asioiden käsittäminen, jotka ovat välittömästi ovellamme, on paras tapa oppia käsittämään ne jotka ovat niiden ulkopuolella."
Hypatia

Hypatian opettajan maine ulottui laajalle, ja hänen luokalleen tuli oppilaita Konstantinopolin, Kyrenen ja muiden kaupunkien varakkaimmista suvuista.

Aleksandrian vaikutusvaltaisimmat perheet kelpuuttivat nuoren filosofin seuraansa, ja hän sai tilaisuuden tutustua kaupungin merkittävimpiin henkilöihin. Prefekti Orestes, joka oli Aleksandrian ylin hallintoviranomainen, oli Hypatian läheinen ystävä ja vaikuttui myös hänen näkemyksistään. Eräs Hypatian lahjakkaimmista oppilaista oli myöhemmin Ptolemaisin piispana toiminut Synesius Kyreneläinen, jonka kirjeenvaihto Hypatian kanssa on säilynyt.

Toiset lähteet mainitsevat Hypaian olleen naimisissa filosofi Isidoren kanssa, toisten mukaan hän pysyi koko elämänsä naimattona tai neitsyenä.

Uusplatonisen koulukunnan viimeiset vuodet olivat sen parasta aikaa. Jatkaen uuspalatonilaisten aloittamaa työtä, Hypatia esitteli mahdollisuuden yhtenevyyteen yksilöllisen itsen ja itsen sinänsä välillä. Seuraten Ammonius Saccasia hän osoitti kaikkien uskontojen ja identiteettien samankaltaisuuden lähtökohdissaan.

Neoplatonilaiset omaksuivat Aristoteleen induktiivisen päättelymetodin, jolla he tarkastelivat kristillisten dogmien horjuvia perusteita. Uusi mystiikkaan kääntynyt uskonto ei voinut sietää sellaista.

Kun nuori loistava luennoitsija käytti kateederiltaan täysien luentosalien lumoutuneen yleisön edessä viileän rauhallisesti järjellisen erittelyn työkalua metafyysisiin allegorioihin, jotka kristinusko oli omaksunut dogmeikseen, avaten kristillisen mystiikan paiseet kaikkien tieteen sääntöjen mukaan kiinnostuneiden kuulijoiden nähtäväksi, kuin ratkaisisi matematiikan probleemaa, -ja tämä luennoitsija oli vielä nainen, kyseessä oli jotain sellaista, mihin ajattelun vapauden auktoriteettiuskoon vaihtaneet kristityt eivät voineet vastata muulla kuin väkivallalla.

"Henki kuin Platonin, vartalo kuin Afroditen", sanoivat aikalaiset tuosta ylivoimaisen älykkäästä, häikäisevästä puhujasta, joka tiedonhalunsa, moraalinsa ja rehellisyytensä takia oli kristillisen synkkyyden ja suitsutuksen hämärtämissä loukoissa piileskelevän tunkkaisen mystiikan ja epä-älyllisen valheen vihollinen. Elämälle selkänsä kääntäneet ja kritiikin auktoriteettiuskoon vaihtaneet fanaatikot flagellantismiin taipuvaisine kannattajajoukkoineen eivät voineet suvaita hänen olemassaoloaan.

Aleksandrian uuden piispan Kyrilloksen kaltaiset kristityt eivät voineet löytää Hypatiasta mitään piirrettä, mihin samaistua: Hän oli pakana, eikä halunnut kieltää muilta näiden uskontoa; Hän oli varakas eikä halunnut haalia omaisuuksia, joita hän ei olisi tarvinnut mihinkään; Hän oli vaikutusvaltaisten kansalaisten tuttu, ja häntä kuunneltiin, joten hänen ei tarvinnut tavoitella valtaa itselleen. Kiihkokristityistä varmaankin tuntui siltä, että heidän syvästi vihaamansa Hypatia ei viitsinyt edes vihata heitä, vaan ainoastaan sääli laiskanlaisesti fanaatikkoja näiden henkisen takapajuisuuden tähden, eikä halunnut vihollisiaan teloitettaviksi, kidutettaviksi tai edes vankilaan, kuten he. Todella raivostuttavaa erilaisuutta.

Nuori Kyrillos, jonka kristillinen kirkko oli nostanut mitättömyydestä "temppelin harjalle", kieltäytyi elämän mukavuuksista, mutta himoitsi sitäkin enemmän vihollistensa tuhoa. Hänen on täytynyt vihata Hypatiaa samalla tavalla, kuin tietynlainen sairas vihaa terveitä.

Neoplatonistit näyttivät tiedon valoa uskon pimentämiin nurkkauksiin, ja yllättivät kristilliset väärentäjät ja ideavarkaat itseteossa. Monopoliasemaan pyrkivä kirkko ei voinut sallia ainuttakaan vaihtoehtoa, sillä silloin ajatuksen vapautta olisi jäänyt jäljelle. Tämä on totalitaaristen ideologioiden yleinen ominaisuus myös meidän aikanamme, ja marxilaiset saivat havaita, että kommunistinen diktatuuri joutui sukupolvesta toiseen vahtimaan mielipidevankeja leirien saaristossa, ja romahti heti kun höllensi ohjaksia. Rooman keisarikunnan kristillinen valtionuskonto oli saman logiikan vanki.

Kun kristilliset opinkappaleet ja rituaalit olivat luvatonta lainaa "pakanallisilta" kulteilta ja filosofioilta, ketään todistajaa ei saanut jättää jäljelle osoittamaan sormellaan ja huudahtamaan: "Katsokaapas, eikös tuo pyhä kolminaisuus ole..."

Uusi maailmanjärjestys, jota sekä Konstantinuksen jälkeiset keisarit, että paavillinen kirkko suunnittelivat, käsitti keisarin absoluuttisen vallan maan päällä, ja Jumalan samanlaisen despotian henkimaailmassa. Kun uusplatonilaisuus tarjosi sivistyneistölle tilaisuuden olla olematta kiihkokristitty, sillä ei ollut "paikkaa majatalossa".

Hypatia, akateemisena kansalaisena ja johtavien sukujen pöytävieraana, ei ehkä tullut ajatelleeksi, että hän itse olisi fyysisessä vaarassa kaupungissa, jossa vallitsi laki ja järjestys, ja keisarillinen sotaväki ja virkakoneisto oli siitä huolehtimassa. Aikakaudet olivat kuitenkin vaihtumassa, eikä mikään ollut enää varmaa.

Maaliskuussa vuonna 415, paaston aikaan, Aleksandrian nuoren ja fanaattisen arkkipiispan Kyrilloksen kannattajiin lukeutuvia munkkeja ja maallikkoja alkoi kerääntyä Museionin edustalle. Heidän joukossaan oli raa´an näköisiä miehiä, joiden tiedettiin aiemmin vierailleen kirkolle vastenmielisten henkilöiden luona ikävin seurauksin. Laumaa johti "Peter Lukijana" tunnettu agitaattori.

Eräs Hypatian suosituista luennoista oli juuri päättymässä, ja ajuri toi yliopiston pääovelle, portaiden juureen, vaunut Hypatiaa varten. Hän astui ulos rakennuksesta, nousi ajoneuvoihin välittämättä veisaavasta ja huutelevasta uskonkiihkoilijoiden joukosta, mutta silloin alkoi tapahtua. Synkkä ihmismassa ympäröi vaunut, joukosta irtautui pari määrätietoisesti toimivaa roikaletta, jotka repivät filosofin alas vaunuista, huutoon ja kiljuntaan yltyvän uskovaisen lauman tavoitettavaksi. Hänen vaatteensa revitään päältä, ja hänet raahataan lähellä sijaitsevaan Caesareionin kirkkoon. Pimeässä ja tungokseen asti täyttyvässä kirkossa hänet sysätään pääkuorin portaille, kuin alttarille, uhoavan joukon nähtäväksi. Hypatia Aleksandrialainen onnistuu hetkeksi ravistautumaan irti vainoojiltaan, ja seisoo lumivalkeana vastakohtana mustanpuhuvalle järjettömäksi yllytetylle ihmisjoukolle. Hän avaa suunsa sanoakseen jotakin, mutta juuri silloin Peter Lukija lyö hänet maahan. Jossain särjetään ruukkuja, ja teräviä sirpaleita ilmestyy uskovaisten käsiin. Kiihkoissaan toisiaan tönivä lauma syöksy uhrinsa kimpuun, nylkee, silpoo ja repii jäseniä kappaleiksi. Kirkon seinät ja lattia, sekä munkkien ja maallikkojen vaatteet, kädet ja kasvot värjäytyvät verestä ja roiskeista, ja uskonnollinen hurmos saavuttaa kliimaksinsa.

Ruumiinkappaleita mukanaan kuljettavat, hospotipomiluita hoilaavat ja riemuissaan hihkuvat, ukonnollisten aktivistien laumat riehuvat kaupungilla iltaan asti. Marssivat kaduilla uskonnollisia lauluja laulaen ja ikkunoita rikkoen. Kunnon kansalaiset sulkeutuvat taloihinsa synkän odotuksen vallassa. Piispa Kyrillos oli näyttänyt mahtinsa.

Hypatian jäännökset poltettiin kaupungin muurien ulkopuolella, paikassa jota kutsutaan Cinaroniksi. Keisarin nimittämä prefekti Orestes, joka ei voinut olla varma pääkaupungin poliittisesta tuesta, oli menettänyt tärkeimmän aleksandrialaisen tukijansa, ja Kyrillos oli antanut todisteen kyvystään toimia vastoin maallisten viranomaisten tahtoa. Oresteen kannattajakuntansa hajosi, ja hän joutui jättämään kaupungin.

Kaupungin ylin siivilihallintoelin, konsiili, yritti vielä vastustaa Kyrilloksen laittomuutta vetoamalla keisariin, mutta tämä ei edes vastannut heille, vaan pysyi merkitsevästi vaiti Hypatian murhasta. Syylliset eivät saaneet minkäänlaisia rangaistuksia, vaan kristityt juhlivat heitä miltei pyhimyksinä. Tapauksen jälkeen uusplatonisen filosofikoulun henkiinjääneet jäsenet poistuivat Aleksandriasta, osa maanpakoon, ja Rooman keisarikunnan alamaisille alkoi selvitä, että ajat olivat muuttuneet. Antiikin sivistyksen viimeinen valonpilkahdus horisontissa oli sammunut, ja valtakunnan hengenravinnosta vastasivat vast´edes pyhäksi julistettavan Kyrilloksen kaltaiset pikkusielut, joille tiedon korkein aste tarkkanäköisyys kirkon pyhän opin monoliittisuutta uhkaavien poikkeaminen löytämisessä.